1949年，中国人民解放军解放新疆的进军途中，第一兵团司令员王震指示创办了中国人民解放军第一兵团卫生学校（后来发展为石河子医学院），成为石河子大学的前身。
1958年，兵团党委创办兵团农学院（后改名石河子农学院），随后相继创办了兵团经济专科学校、兵团师范专科学校。
1996年，石河子农学院、石河子医学院、兵团师范专科学校和兵团经济专科学校合并组建石河子大学。
2000年，入选国家西部大开发重点建设高校。
2004年，入选省部共建高校。
2008年，入选国家“211工程”重点建设高校。
2012年，入选“中西部高校基础能力建设工程”高校和“中西部高校综合实力提升工程”（一省一校）高校。
2017年，入选国家“双一流”（一流学科）建设高校。
2018年，成为教育部与新疆生产建设兵团“部省合建”高校。
2022年，入选新一轮国家“双一流”建设高校。
石河子大学（Shihezi University），简称“石大”，位于新疆维吾尔自治区石河子市，由教育部和新疆生产建设兵团共建，是国家“双一流”建设高校、部省合作共建高校、国家“211工程”重点建设高校、国家“中西部高校综合实力提升工程”和“中西部高校基础能力建设工程”高校，入选国家“2011计划”、卓越医生教育培养计划、卓越工程师教育培养计划、卓越农林人才教育培养计划、国家建设高水平大学公派研究生项目、国家大学生创新性实验计划、国家级大学生创新创业训练计划、全国深化创新创业教育改革示范高校、中国政府奖学金来华留学生接收院校、国家大学生文化素质教育基地，国家西部重点建设十四所高校之一，为中西部高校联盟成员。
石河子大学历史渊源可追溯至1949年中国人民解放军第一野战军创建的第一兵团卫生学校。1996年经教育部批准，隶属农业部的原石河子医学院、石河子农学院、兵团师范专科学校、兵团经济专科学校合并组建石河子大学，所属划归新疆生产建设兵团。
